中科院的科学家怎么判断出华南海鲜市场不是病毒的起源地的?

中科院的科学家怎么判断出华南海鲜市场不是病毒的起源地的?昨天(2月21日)中国科学院西双版纳热带植物园与华南农业大学以及北京脑科中心的科研…

昨天(2月21日)中国科学院西双版纳热带植物园与华南农业大学以及北京脑科中心的科研人员在中科院论文预印本平台(chinaxiv)发布了一篇论文,其主要使用了基因组学数据来追踪病毒在传播过程中的突变。

其得的主要结论有:

1. 在武汉大范围传播新型冠状病毒之前,在11月下旬应该就有部分患者被感染,可能因为是轻症患者所忽略。

2. 华南海鲜市场并不是最原始的病毒传播地点。

3. 病毒在传播的过程中只产生了突变,没有发生重组的现象。

那么我来不太科学的给大家解释下这个结论是怎么得出来的。

论文使用了基因组学的分析方式,来分析和判断的病毒的进化走向。

大家通俗的理解,就是如果有的病毒都是像电影里的情节那样,有一个最初的感染源,也就是说0号患者,那么其他所有人都将是被他所感染,也就是所有的病毒都会有个共同的祖先。

那么论文的作者收集了包含中国以及全球各地的96个病毒的完整基因组,用基因组学的方式来逆推这些病毒的共同祖先。论文中假设病毒的一个祖先叫mv1,它可能来自中间宿主(比如穿山甲)或者是0号患者。那么从它开始,病毒在传播的过程中会产生自然突变,因为大家是基于一个祖先进行突变的,所以这个过程是有迹可循,或者是有规律的。

那么经过那96个病毒的基因序列进行分析,论文作者发现,华南海鲜市场并不是最古老的病毒起源地,而广东(深圳)的发现的患者携带的病毒版本H13以及来自美国华盛顿患者采集到的病毒版本H38,他们的病毒版本都要比海鲜市场爆发的H1版本要老。而这两组患者都曾经去过武汉,他们从武汉感染的病毒更古老一些。

但这里有一点要注意,感染的晚不代表着病毒版本更新,比如你是被0号感染者感染,那么你即便是1月份感染的,那你感染的斌病毒版本也是很古老的。所以在整个病毒传播期间,是混杂着很多版本的病毒的。

上边这个图显示了作者对于这些病毒样本的分析,大家可以把这些编号理解为软件版本。比如说蝙蝠身上的最原始版本RaTG13,那么中间宿主版本就是mv1,从mv1更新到了H38,在从H38更新到了H3,H3更新到H1,而H1才是在华南海鲜市场大规模流行的病毒版本。

而经过流行病学的分析可以得到一些确认信息,如下图。

目前已经确认H3(图中被蓝色圈起来的三角形)是没有海鲜市场的相关史的,而H1(图中被红色圈起来的大圆点)是确认有海鲜市场相关史的。而刚才我们看的哪个更新路线能看出来是先有的H3后有的H1.也就是说,华南海鲜市场并不是病毒最早出现的地方。最少H3,以及H13和H38这3个版本都比它早。

那么追踪最早的病毒版本要怎么办?目前来看要追踪更多的H13和H38这两个病毒版本的来源。

至于结论1可以从病毒版本的时间上推断,11月可能是个保守数字,也够可能会更早(比如10月底)

结论3算是唯一的好消息了,检测了全球90多个样本的测序结果,发现病毒只是在复制过程中老老实实的突变,没有产生和其他病毒重组以至于大范围的变异。这样我们最少还是在面对一种病毒。

声明:本媒体部分图片、文章来源于网络,版权归原作者所有,如有侵权,请与我联系删除。

发表评论